Monographien (und Dissertation)
Winkelbauer, Thomas, Robot und Steuer. Die Untertanen der Waldviertler Grundherrschaften Gföhl und Altpölla zwischen feudaler Herrschaft und absolutistischem Staat (vom 16. Jahrhundert bis zum Vormärz), Wien 1986.
Winkelbauer, Thomas, Fürst und Fürstendiener. Gundaker von Liechtenstein, ein österreichischer Aristokrat des konfessionellen Zeitalters, Wien-München 1999.
Winkelbauer, Thomas, Ständefreiheit und Fürstenmacht. Länder und Untertanen des Hauses Habsburg im konfessionellen Zeitalter, 2 Teile, Wien 2003, Studienausgabe Wien 2004.
Artikel
Winkelbauer, Thomas, "Und sollen sich die Parteien gütlich miteinander vertragen." Zur Behandlung von Streitigkeiten und von "Injurien" vor den Patrimonialgerichten in Ober- und Niederösterreich in der frühen Neuzeit. In: Zeitschrift der Savigny-Stiftung für Rechtsgeschichte, Germanist. Abt. 109 (1992) 129–158.
Winkelbauer, Thomas, Krise der Aristokratie? Zum Strukturwandel des Adels in den böhmischen und niederösterreichischen Ländern im 16. und 17. Jahrhundert. In: Mitteilungen des Instituts für Österreichische Geschichtsforschung 100 (1992) 328–353.
Winkelbauer, Thomas, Sozialdisziplinierung und Konfessionalisierung durch Grundherren in den böhmischen und österreichischen Ländern im 16. und 17. Jahrhundert. In: Zeitschrift für Historische Forschung 19 (1992) 317–339.
Winkelbauer, Thomas, Nervus Belli Bohemici. Die finanziellen Hintergründe des Scheiterns des Ständeaufstands der Jahre 1618 bis 1620. In: Folia Historica Bohemica 18 (1997) 173–223.
Winkelbauer, Thomas, Grundherrschaft, Sozialdiszi
Herausgeberschaften und Editionen
Winkelbauer, Thomas (Hg.), Kontakte und Konflikte. Böhmen, Mähren und Österreich: Aspekte eines Jahrtausends gemeinsamer Geschichte (= Schriftenreihe des Waldviertler Heimatbundes 36), Horn 1993.
Winkelbauer, Thomas (Hg.), Vom Lebenslauf zur Biographie. Geschichte, Quellen und Probleme der historischen Biographik und Austobiographik (= Schriftenreihe des Waldviertler Heimatbundes 40), Horn 2000.
Pauser, Josef / Scheutz, Martin / Winkelbauer, Thomas (Hgg.), Quellenkunde der Habsburgermonarchie (16.-18. Jahrhundert). Ein exemplarisches Handbuch (= Mitteilungen des Instituts für Österreichische Geschichtsforschung, Ergbd. 44), Wien-München 2004.
Scheutz, Martin / Winkelbauer, Thomas (Hgg.), Diebe, Sodomiten und Wilderer? Waldviertler Gerichtsakten aus dem 18. Jahrhundert als Beitrag zur Sozialgeschichte (= Forschungen zur Landeskunde von Niederösterreich 29 = Schriftenreihe des Waldviertler Heimatbundes 46), St. Pölten-Horn 2005.