Das Wilhelm-Fraenger-Institut wurde von der Wilhelm-Fraenger-Gesellschaft e.V. als gemeinnützige Gesellschaft für Forschung, Fortbildung, Dokumentation und Kulturarbeit mbH gegründet und ist Eigentümerin des Fraenger-Hauses.
Der Haupsitz des Instituts ist in Potsdam, eine Nebenstelle in 10178 Berlin, Burgstraße 27, Tel. 030 / 24342994.