Das Institut widmet sich als landesgeschichtliches Forschungsinstitut der Geschichte und Kultur des ostbairischen Raumes unter Einschluß der angrenzenden Gebiete Böhmens und Oberösterreichs und gliedert sich in die zur Institutskonferenz zusammengeschlossenen Teilbereiche Alte Geschichte, Mittelalterliche Geschichte, Volkskunde, Rechtsgeschichte, Kunstgeschichte und Kirchengeschichte.